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Eine Linienmaschine stürzt in der Nacht bei schweren Turbulenzen inmitten des berüchtigten Bermuda-Dreiecks ab. Die Überlebenden, darunter das Meeresbiologen-Paar Vera und Del Collins, können sich auf eine Insel retten, deren kriegerische Bewohner sich als „Atlanter“, Angehörige der sagenumwobenen versunkenen Stadt Atlantis, ausgeben. Mit einem Tiefsee-U-Boot werden sie nach Atlantis gebracht, einer Stadt, die unter einer Kuppel tief auf dem Meeresgrund verborgen liegt und von einem riesigen dreiköpfigen Seemonster bewacht wird. Die anfängliche Begeisterung der Wissenschaftler für die erstaunlichen technischen Errungenschaften, die es dort gibt, währt allerdings nur kurz. Denn die Atlanter wollen die Menschheit, die die Meere und damit die Umwelt ihrer Heimat über Jahrhunderte zerstört hat, komplett vernichten. Mit Hilfe des ebenfalls in Atlantis „gestrandeten“ Ex-Soldaten Pluto setzen die beiden nun alles daran, dies zu verhindern…

US-General Greer (Eric Roberts) sitzt nervös im Pentagon und erteilt seiner Untergebenen Colonel Ramirez (Bernadette) Anweisungen übers Telefon. Ramirez soll mit einem kleinen Team von Elite-Soldaten zwei ausgebrochene Allosaurier finden und zur Strecke bringen, die die Bewohner eines sonst eher gemütlichen, in den Bergen gelegenen Kleinstädtchens terrorisieren. Die Operation muss möglichst ohne Aufsehen vonstatten gehen, da die Regierung selbst die Schuld an dieser Katastrophe trägt. Hatten doch einst Wissenschaftler in ihrem Auftrag die vor Äonen ausgestorbenen Urviecher geklont und sie durch Gen-Manipulation nahezu unverwundbar gemacht. Was nur so lange eine gute Idee war, bis die Dinosaurier ausbrachen und sich über unschuldige Menschen hermachten …