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Die „Top Gunner“ genannten Flieger der F/A-18 Hornet-Einheit um Captain Alix 'Smoke' Riley (David Thomas Newman) und Major Roberta 'Banshee' Banning (Torrey Richardson) zählen zur Elite der Kampfjet-Piloten der US Air Force. Als solche erhalten sie den Befehl, einer Linienmaschine auf ihrem Weg von New York nach Santa Domingo in der Dominikanischen Republik Begleitschutz zu geben. Doch die Mission stellt sich als besonders heikel heraus. An Bord des mit ahnungslosen Passagieren vollbesetzten Flugzeugs befinden sich nämlich mehrere Bomben. Zu allem Überfluss wird der Jet auch noch mit Raketen angegriffen. Im Inneren der Maschine versuchen Air-Marshal Tony Wilkes (Michael Paré) und Flugbegleiterin Vanessa Jensen (Anna Telfer) derweil, die Sprengsätze ausfindig zu machen, um sie zu entschärfen. Was die zwei nicht wissen: Unter den Fluggästen befindet sich ein Terrorist, der dies um jeden Preis zu verhindern sucht …

Eine Linienmaschine stürzt in der Nacht bei schweren Turbulenzen inmitten des berüchtigten Bermuda-Dreiecks ab. Die Überlebenden, darunter das Meeresbiologen-Paar Vera und Del Collins, können sich auf eine Insel retten, deren kriegerische Bewohner sich als „Atlanter“, Angehörige der sagenumwobenen versunkenen Stadt Atlantis, ausgeben. Mit einem Tiefsee-U-Boot werden sie nach Atlantis gebracht, einer Stadt, die unter einer Kuppel tief auf dem Meeresgrund verborgen liegt und von einem riesigen dreiköpfigen Seemonster bewacht wird. Die anfängliche Begeisterung der Wissenschaftler für die erstaunlichen technischen Errungenschaften, die es dort gibt, währt allerdings nur kurz. Denn die Atlanter wollen die Menschheit, die die Meere und damit die Umwelt ihrer Heimat über Jahrhunderte zerstört hat, komplett vernichten. Mit Hilfe des ebenfalls in Atlantis „gestrandeten“ Ex-Soldaten Pluto setzen die beiden nun alles daran, dies zu verhindern…